常见的3D建模工具文件格式有STL、OBJ、FBX、DAE、3DS、MAX等。STL格式是一种简单的三角网格模型文件格式，通常用于3D打印和快速原型制作。OBJ格式是一种包含几何形状、材质和纹理信息的文件格式，广泛用于3D建模和渲染。FBX是Autodesk开发的一种通用的3D模型交换格式，支持多种类型的几何和动画数据。DAE格式是COLLADA的文件格式，可以包含几何、材质、动画等多种信息。3DS是3D Studio软件的专有文件格式，包含场景、模型和材质等信息。MAX格式是3D Studio Max软件的文件格式，可以保存建模、材质、动画等各种数据。
除了以上提到的文件格式，还有一些专用的文件格式，如BLEND、C4D、SKP等。BLEND是Blender软件的文件格式，保存了Blender项目中的所有信息，包括模型、材质、动画等。C4D是Cinema 4D软件的文件格式，广泛用于电影特效和动画制作。SKP是SketchUp软件的文件格式，包含了建模、材质、组件等信息。这些专用格式通常用于特定软件的文件保存和导入导出。
在3D建模工具中还有一些开放格式，如PLY、DXF、VRML等。PLY格式是一种简单的点云文件格式，通常用于存储点云数据。DXF是AutoCAD软件的文件格式，可以保存2D和3D几何数据。VRML是虚拟现实建模语言的文件格式，用于创建互动的3D场景和网页。
随着3D技术的发展，还出现了一些新的文件格式，如GLTF、USD等。GLTF是一种用于Web的3D文件格式，支持PBR材质和动画。USD是Pixar开发的一种通用场景描述文件格式，用于高性能的3D数据交换和共享。